Муниципальное образование Ельцовский сельсовет Шипуновского района Алтайского края наделено статусом сельсккого поселения законом Алтайского края от 2 июля 2008 года № 52-ЗС "О статусе и границах муниципальных и администритивно-территориальных образований Шипуновского района Алтайского края".
С 2011 года муниципальные и административно-территориальные образования Ельцовский сельсовет Шипуновского района Алтайского края и Кузнечихинский сельсовет Шипуновского района Алтайского края преобразованы путём объединения в Ельцовский сельсовет Шипуновского района Алтайского края, который является их правопреемником, а органы местного самоуправления вновь образованного сельсовета в соответствии со своей компетенцией являются правопреемниками органов местного самоуправления преобразуемых муниципальных образований. В настоящее время в состав муниципального образования Ельцовский сельсовет Шипуновского района Алтайского края входит пять сельских поселений, а именно: село Ельцовка, село Кузнечиха, поселок Качусово, поселок Озерки, село Эстония. Административным центром поселения является село Ельцовка.
